home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ Internet Info 1994 March / Internet Info CD-ROM (Walnut Creek) (March 1994).iso / answers / news / biology / info-theory < prev    next >
Text File  |  1994-04-04  |  23KB  |  657 lines
  1. Newsgroups: bionet.info-theory,news.answers
  2. Path: bloom-beacon.mit.edu!news.media.mit.edu!uhog.mit.edu!europa.eng.gtefsd.com!darwin.sura.net!fconvx.ncifcrf.gov!fcsparc6!toms
  3. From: toms@ncifcrf.gov (Tom Schneider)
  4. Subject: Biological Information Theory and Chowder Society FAQ
  5. Message-ID: <Cnr1As.Czu@ncifcrf.gov>
  6. Followup-To: bionet.info-theory
  7. Summary: monthly Frequently Asked Questions posting for BITCS
  8.  The news group bionet.info-theory is a forum for discussing information theory
  9.  in biology and for tossing food for thought around.  Other interesting
  10.  mathematical problems in biology are also welcome, as we will try our best to
  11.  take the log of them, so as to convert them into information theory problems.
  12. Originator: toms@fcsparc6
  13. Keywords: FAQ, Biological Information Theory and Chowder Society
  14. Sender: usenet@ncifcrf.gov (C News)
  15. Nntp-Posting-Host: fcsparc6.ncifcrf.gov
  16. Organization: Frederick Cancer Research and Development Center
  17. Date: Mon, 4 Apr 1994 19:11:16 GMT
  18. Approved: news-answers-request@MIT.Edu
  19. Lines: 635
  20. Xref: bloom-beacon.mit.edu bionet.info-theory:1273 news.answers:17662
  21.  
  22. Archive-name: biology/info-theory
  23.  
  24. ***********************************************************
  25.  
  26. Replies to Frequently Asked Questions (FAQ) for bionet.info-theory
  27.  
  28.              Biological Information Theory and Chowder Society
  29.  
  30. version = 1.53 of bionet.info-theory.faq  1994 March 4
  31.  
  32. ***********************************************************
  33. - What is the History of The Biological Information Theory and Chowder Society?
  34. - What Kind of Questions Are Appropriate For Discussion?
  35. - How Can I Learn More About Information Theory and Biology?
  36. - Will Authors Send Me Papers?
  37. - Can You Just Point My Mosaic To The FAQ and the Archives?
  38. - How Do I obtain bionet.info-theory BY EMAIL?
  39. - Where Did I Get This FAQ File From Originally?
  40. - Where Are the Bionet Archives?
  41. - What Can I Do About Inappropriate Postings?
  42. - Who Takes Care of This Group?
  43. ***********************************************************
  44.  
  45. * What is the History of The Biological Information Theory and Chowder Society?
  46.  
  47. The Biological Information Theory and Chowder Society (BITCS) is a group of
  48. scientists interested in the biological applications of information theory
  49. (thus the "BIT") who meet informally for dinner (thus the "CS") from time to
  50. time in the Washington, DC, area.  At our dinners we have only one rule ---
  51. food fights are discouraged.
  52.  
  53. The guys who started this thing did it because we weren't certain we understood
  54. the biological implications of information theory.  Some of us are more
  55. comfortable with the mathematical machinery and assemble biological systems
  56. into grand canonical ensembles whether they want to be there or not; and some
  57. of us think they understand what the biological systems are doing but can't
  58. take a log to base 2.  What we try to do is pry from one another the bits of
  59. knowledge that will help us understand what's going on.
  60.  
  61. Some of the topics up for discussion in our group are:
  62.   biological applications of information theory
  63.   biochemical molecular machines
  64.   computer methods for recognition of molecular structure and function
  65.   database organization for biomolecular information
  66.   nanotechnology
  67.   the limits of computation
  68.   "dissipationless" (?) computation
  69.   Maxwell's demon
  70.   anecdotes and humor about all these topics
  71. A few relevant papers are listed below.
  72.  
  73. The group started when Tom Schneider was introduced to John Spouge in 1988.
  74. Tom bounced his ideas about molecular machines off John, and John kept finding
  75. flaws.  Tom would go away rather unhappily for a month and then find a
  76. solution.  But John was always one step ahead...  (and still is, on last
  77. account.)  Tom gave a talk about molecular machines at the Lambda Lunch meeting
  78. on the Bethesda NIH campus, and John introduced John (Steve) Garavelli.  We all
  79. got together with Peter Basser for dinner once in a while to talk about
  80. information theory.  Steve brought in one of the first people to apply
  81. information theory to biology, Hubert Yockey.  Steve Garavelli dubbed the group
  82. the "Biological Information Theory and Chowder Society", which it is still
  83. called.  We are known sometimes as 'chowderheads', and talk about food fights,
  84. but so far have only had electronic food fights!  We hold dinners in Bethesda
  85. Maryland on random occasions.
  86.  
  87. When our informal mailing list became difficult to handle, we petitioned to
  88. start a bionet news group.  We hope to hold roaring discussions, and everyone
  89. is welcome to join.  If you are uncertain about something, quit lurking and ask
  90. on the net.  It may well be that what bothered you is the key to a new piece of
  91. information theory in biology.  (The major advances so far have been by things
  92. that REALLY bugged people.)
  93.  
  94. We will also announce when and where our (irregular) eatings are and you are
  95. welcome to join if the travel is not too far.  John Spouge
  96. (spouge@ncbi.nlm.nih.gov), usually makes the arrangements.
  97.  
  98. ***********************************************************
  99.  
  100. * What Kind of Questions Are Appropriate For Discussion?
  101.  
  102. This faq sheet answers simple questions about this group.  The BIG questions
  103. should be discussed on the net, where we can all haggle over them.  Here are a
  104. few for starters:
  105.  
  106. What is the role of theory in biology today?
  107. What should be the role of biological theory?
  108.  
  109. What is information?  How should it be defined?
  110.  
  111. What bothers you when you read the two papers on the theory of molecular
  112. machines?  (It is only from the things that bother us that we can make progress
  113. in understanding.)  (See references below.)
  114.  
  115. What are flaws in the theory of molecular machines?
  116.  
  117. How is ATP used to drive molecular machines?
  118.  
  119. All communication systems are associated with living things, so is it true that
  120. information theory is really a theory about living things?  Was Shannon really
  121. a great biologist?
  122.  
  123. What does Maxwell's Demon have to do with all of this?
  124.  
  125. What are the limits of computers?
  126.  
  127. What are the limits of nanotechnology?
  128.  
  129. ***********************************************************
  130.  
  131. * How Can I Learn More About Information Theory and Biology?
  132.  
  133. REFERENCES - General
  134.  
  135. There are a huge number of papers related to this topic, just about everything
  136. in molecular biology, lots of chemistry, physics, electronics, evolutionary
  137. theory, thermodynamics, statistical mechanics and the kitchen sink ...  You can
  138. get a pretty good overview by combining the references of Schneider.ccmm,
  139. Schneider.edmm and Leff1990.  References are given in BiBTeX format, the
  140. bibliography program associated with LaTeX, the powerful and portable
  141. typesetting program.
  142.  
  143. # Wonderful books:
  144.  
  145. @book{Gonick.computers,
  146. author = "L. Gonick",
  147. title = "The Cartoon Guide to Computer Science",
  148. publisher = "Barnes \& Nobel",
  149. address = "N. Y.",
  150. year = "1983"}
  151.  
  152. @book{Gonick.genetics,
  153. author = "L. Gonick",
  154. title = "The Cartoon Guide to Genetics",
  155. publisher = "Barnes \& Nobel",
  156. address = "N. Y.",
  157. year = "1983"}
  158.  
  159. @book{Gonick.physics,
  160. author = "L. Gonick
  161.  and A. Huffman",
  162. title = "The Cartoon Guide to Physics",
  163. publisher = "HarperPerennial",
  164. address = "N. Y.",
  165. isbn = "0-06-273100-9",
  166. year = "1990"}
  167.  
  168. # A good starting point if you don't know much molecular biology:
  169. # (Two volumes)
  170.  
  171. @book{Watson1987,
  172. author = "J. D. Watson
  173.  and N. H. Hopkins
  174.  and J. W. Roberts
  175.  and J. A. Steitz
  176.  and A. M. Weiner",
  177. title = "Molecular Biology of the Gene",
  178. edition = "fourth",
  179. year = "1987",
  180. publisher = "The Benjamin/Cummings Publishing Co., Inc.",
  181. address = "Menlo Park, California"}
  182.  
  183. # This book describes LaTex and BiBTeX:
  184.  
  185. @book{Lamport1986,
  186. author = "L. Lamport",
  187. title = "\LaTeX: A Document Preparation System,
  188. User's Guide \& Reference Manual",
  189. publisher = "Addison-Wesley Publishing Company",
  190. address = "Reading, Massachusetts",
  191. callnumber = "Z253.4.L38L35",
  192. isbn = "0-201-15790-X",
  193. year = "1986"}
  194.  
  195. # ***********************************************************
  196. # REFERENCES - Information Theory
  197.  
  198. # The best starter book:
  199.  
  200. @book{Pierce1980,
  201. author = "J. R. Pierce",
  202. title = "An Introduction to Information Theory:
  203. Symbols, Signals and Noise",
  204. edition = "second",
  205. publisher = "Dover Publications, Inc.",
  206. address = "New York",
  207. isbn = "0-486-24061-4",
  208. comment = "
  209.  from: 
  210.    Dover Publications, Inc. 
  211.    31 East 2nd street
  212.    Mineola, New York 11501 
  213. order: 
  214.    Pierce, An Introduction to Information Theory: Symbols, Signals and Noise 
  215.    code number: 24061-4 
  216. $7.95 + charges.  Payment in full, no telephone or credit card orders. 
  217. Postage and Handling charges are: 
  218. Bookrate: $3 (US only) 
  219. UPS: $4.50 (US only, not Alaska or Hawaii or PO boxes) 
  220. Foreign orders: add 20% of total (minimum $2.50) 
  221. Sales Tax (Ny residents only) 
  222. Foreign Orders Note: Remittances must be sent by international money 
  223. order or in U.S. funds via Federal Wire System to Chemical Bank, N. Y. ABA 
  224. #021000128.  Mark all remittances "For the account of Dover Publications, 
  225. Inc.  #001 053 272"
  226. This information is from the Dover Math and Science Catalogue 9/92",
  227. year = "1980"}
  228.  
  229. # A good introduction to the mathematics:
  230.  
  231. @book{Sacco1988,
  232. author = "W. Sacco
  233.  and W. Copes 
  234.  and C. Sloyer
  235.  and R. Stark", 
  236. title = "Information Theory: Saving Bits",
  237. publisher = "Janson Publications, Inc.",
  238. address = "Providence, Rhode Island",
  239. isbn = "ISBN 0-939765-25-X",
  240. year = "1988"}
  241.  
  242. # Important originals:
  243.  
  244. @article{Shannon1948,
  245. author = "C. E. Shannon",
  246. title = "A Mathematical Theory of Communication",
  247. year = "1948",
  248. journal = "Bell System Tech. J.",
  249. volume = "27",
  250. pages = "379-423, 623-656"}
  251.  
  252. @book{ShannonWeaver1949,
  253. author = "C. E. Shannon
  254.  and W. Weaver",
  255. title = "The Mathematical Theory of Communication",
  256. publisher = "University of Illinois Press",
  257. address = "Urbana",
  258. isbn = "ISBN 0-252-72548-4",
  259. year = "1949"}
  260.  
  261. @article{Shannon1949,
  262. author = "C. E. Shannon",
  263. title = "Communication in the Presence of Noise",
  264. year = "1949",
  265. journal = "Proc. IRE",
  266. volume = "37",
  267. pages = "10-21"}
  268.  
  269. # For the committed: The Complete Works!
  270.  
  271. @inproceedings{Shannon1993,
  272. author = "C. E. Shannon",
  273. editor = "N. J. A. Sloane and A. D. Wyner",
  274. booktitle = "Claude Elwood Shannon: collected papers",
  275. publisher = "IEEE Press",
  276. address = "Piscataway, NJ",
  277. isbn = "0-7803-0434-9", 
  278. comment = "IEEE Order Number: PC0331-9
  279.   To order directly by charge card (eg Visa works) you can call
  280.   (908)-981-0060
  281.   $69.95 + $5 handling charge
  282.   delivery in about 2 weeks",
  283. year = "1993"}
  284.  
  285. # How locks work and other cool stuff:
  286.  
  287. @book{Macaulay1988,
  288. author = "D. Macaulay",
  289. title = "The Way Things Work",
  290. publisher = "Houghton Mifflin Company",
  291. address = "Boston",
  292. year = "1988"}
  293.  
  294. # Leff1990 gives a review of the Maxwell's Demon problem.
  295. # See also Schneider.edmm, listed below.
  296.  
  297. @book{Leff1990,
  298. author = "H. S. Leff and A. F. Rex",
  299. title = "Maxwell's Demon: Entropy, Information, Computing",
  300. publisher = "Princeton University Press",
  301. address = "Princeton, N. J.",
  302. phone = "1(800) 777-4726",
  303. isbn.hard  = "0-691-08726-1 (hard cover)",
  304. isbn.paper = "0-691-08727-X (paperback)",
  305. year = "1990"}
  306.  
  307. # ***********************************************************
  308.  
  309. # REFERENCES - Jaynes
  310.  
  311. @article{JaynesI,
  312.   author = "Edwin T. Jaynes",
  313.   title = "Information Theory and Statistical Mechanics",
  314.   year = 1957,
  315.   journal = "Physical Review",
  316.   volume = "106",
  317.   pages = "620-630"}
  318.  
  319. @article{JaynesII,
  320.   author = "Edwin T. Jaynes",
  321.   title = "Information Theory and Statistical Mechanics. {II}",
  322.   year = 1957,
  323.   journal = "Physical Review",
  324.   volume = "108",
  325.   pages = "171-190"}
  326.  
  327. # A version of Jaynes' new book "PROBABILITY THEORY -- THE LOGIC OF SCIENCE"
  328. # is available in the archive in the jaynes directories.
  329.  
  330. # ***********************************************************
  331. # REFERENCES - Schneider
  332.  
  333. @article{Schneider1986,
  334. author = "T. D. Schneider
  335.  and G. D. Stormo
  336.  and L. Gold
  337.  and A. Ehrenfeucht",
  338. title = "Information content of binding sites on nucleotide sequences",
  339. journal = "J. Mol. Biol.",
  340. volume = "188",
  341. pages = "415-431",
  342. year = "1986"}
  343.  
  344. @inproceedings{Schneider1988,
  345. author = "T. D. Schneider",
  346. editor = "G. J. Erickson and C. R. Smith",
  347. title = "Information and entropy of patterns in genetic switches",
  348. booktitle = "Maximum-Entropy and Bayesian Methods in Science and Engineering",
  349. volume = "2",
  350. pages = "147-154",
  351. publisher = "Kluwer Academic Publishers",
  352. address = "Dordrecht, The Netherlands",
  353. year = "1988"}
  354.  
  355. @article{Schneider1989,
  356. author = "T. D. Schneider
  357.  and G. D. Stormo",
  358. title = "Excess Information at Bacteriophage {T7} Genomic Promoters
  359. Detected by a Random Cloning Technique",
  360. year = "1989",
  361. journal = "Nucl. Acids Res.",
  362. volume = "17",
  363. pages = "659-674"}
  364.  
  365. @article{Schneider.Stephens.Logo,
  366. author = "T. D. Schneider
  367.  and R. M. Stephens",
  368. title = "Sequence Logos: A New Way to Display Consensus Sequences",
  369. journal = "Nucl. Acids Res.",
  370. volume = "18",
  371. pages = "6097-6100",
  372. year = "1990"}
  373.  
  374. @article{Schneider.ccmm,
  375. author = "T. D. Schneider",
  376. title = "Theory of Molecular Machines.
  377. {I. Channel} Capacity of Molecular Machines",
  378. journal = "J. Theor. Biol.",
  379. volume = "148",
  380. number = "1",
  381. pages = "83-123",
  382. note = "{(Note: The figures were printed out of order!
  383. Fig. 1 is on p. 97.)}",
  384. year = 1991}
  385.  
  386. @article{Schneider.edmm,
  387. author = "T. D. Schneider",
  388. title = "Theory of Molecular Machines.
  389. {II. Energy} Dissipation from Molecular Machines",
  390. journal = "J. Theor. Biol.",
  391. volume = "148",
  392. number = "1",
  393. pages = "125-137",
  394. year = 1991}
  395.  
  396. @article{Herman.Schneider1992,
  397. author = "N. D. Herman
  398.   and T. D. Schneider",
  399. title = "High Information Conservation Implies that at Least Three Proteins
  400. Bind Independently to {F} Plasmid {{\em incD\/}} Repeats",
  401. journal = "J. Bact.",
  402. volume = "174",
  403. pages = "3558-3560",
  404. year = "1992"}
  405.  
  406. @article{Stephens.Schneider.Splice,
  407. author = "R. M. Stephens
  408.   and T. D. Schneider",
  409. title = "Features of spliceosome evolution and function
  410. inferred from an analysis of the information at human splice sites",
  411. journal = "J. Mol. Biol.",
  412. volume = "228",
  413. pages = "1124-1136",
  414. year = "1992"}
  415.  
  416. @article{Papp.helixrepa,
  417. author = "P. P. Papp
  418.  and D. K. Chattoraj
  419.  and T. D. Schneider",
  420. title = "Information Analysis of Sequences that Bind
  421. the Replication Initiator {RepA}",
  422. journal = "J. Mol. Biol.",
  423. comment = "Cover of 233, number 2!",
  424. volume = "233",
  425. pages = "219-230",
  426. year = "1993"}
  427.  
  428. # ***********************************************************
  429. # REFERENCES - Yockey
  430.  
  431. @book{Yockey1958a,
  432. editor = "Hubert P. Yockey and Robert P. Platzman and Henry Quastler",
  433. title = "Symposium on Information Theory in Biology",
  434. booktitle = "Symposium on Information Theory in Biology",
  435. year = 1958,
  436. publisher = "Pergamon Press",
  437. address = "New York, London"}
  438.  
  439. @article{Yockey1981,
  440. author = "Hubert P. Yockey",
  441. year = 1981,
  442. title = "Self-organization Origin of Life Scenarios and Information Theory",
  443. journal = "J. Theor. Biol.",
  444. volume = "91",
  445. pages = "13-31"}
  446.  
  447. @book{Yockey1992,
  448. author = "H. P. Yockey",
  449. title = "Information Theory in Molecular Biology",
  450. publisher = "Cambridge University Press",
  451. address = "Cambridge",
  452. callnumber = "",   
  453. comment = "40 West 20th Street,
  454. New York, N. Y.  10011-4211,
  455. 1-800-827-7423,
  456. order number 350050",
  457. year = "1992"}   
  458.  
  459. ***********************************************************
  460.  
  461. * Will Authors Send Me Papers?
  462.  
  463. Tom Schneider will mail you copies of his papers.  Send your physical address
  464. to him at toms@ncifcrf.gov.  Some papers are on line already, see also the
  465. README file in the ftp archive ncifcrf.gov in pub/delila.
  466.  
  467. If you are willing to send out papers or have papers you would like listed
  468. here, please contact Tom Schneider.
  469.  
  470. ***********************************************************
  471.  
  472. * Can You Just Point My Mosaic To The FAQ and the Archives?
  473.  
  474. This file and the postings may be obtained by Mosaic through the world wide web
  475. at:
  476.  
  477. <UL>
  478.  
  479. <H2>
  480. <LI> <A HREF="ftp://ncifcrf.gov/pub/delila/bionet.info-theory.faq.Z">
  481. FAQ (Frequently Asked Questions)</A>
  482. about the Biological Information Theory and Chowder Society
  483. </H2>
  484.  
  485. <H2>
  486. <LI> <A HREF="gopher://net.bio.net/11/BIO-INFO">
  487. Gopher Link to Archive of All Postings.</A>
  488. This archive contains the most recent postings
  489. as separate documents.</H2>
  490.  
  491. <H2>
  492. <LI> <A HREF="ftp://net.bio.net/pub/BIOSCI/BIO-INFO">
  493. Archive of Monthly Postings.</A>
  494. This archive (currently) contains postings
  495. from each month as a single document.</H2>
  496.  
  497. <H2>
  498. <LI> <A HREF="ftp://ftp.bio.indiana.edu/usenet/bionet/info-theory/">
  499. Gopher link to Archive of Postings at IUBO.</A>
  500. Thistings.
  501. Older postings are collected by the month as a single document.
  502. There is an index for each month.
  503. </H2>
  504.  
  505. </UL>
  506.  
  507. ***********************************************************
  508.  
  509. * How Do I obtain bionet.info-theory BY EMAIL?
  510.  
  511. If you have access to USENET news YOU DO NOT NEED AN E-MAIL SUBSCRIPTION!!  We
  512. strongly encourage all interested users to explore getting USENET news at your
  513. site.  It's MUCH easier on you than an e-mail subscription!  Please consult
  514. your systems manager or contact biosci-help@net.bio.net for assistance if
  515. needed.
  516.  
  517. The BIOSCI (email) name for the forum is BIO-INFO.
  518.  
  519. Depending on where you are, you have to do different things to subscribe or be
  520. removed from the email subscription list:
  521.  
  522. SUBSCRIBING / UNSUBSCRIBING
  523.    North or South America or Pacific Rim:
  524.      Using the computer account in which you want to receive mail
  525.      messages, please send an email message to the e-mail server at
  526.      biosci-server@net.bio.net.  Leave the Subject: line blank.
  527.      In the body of the message include the line
  528.  
  529.      subscribe bio-info
  530.  
  531.      to add yourself to the mailing list or
  532.  
  533.      unsubscribe bio-info
  534.  
  535.      to cancel an existing subscription.  If you need personal
  536.      subscription assistance, please contact biosci-help@net.bio.net.
  537.  
  538.    Europe, Africa, and Central Asia:
  539.        Send a email message to the person at
  540.       biosci@daresbury.ac.uk
  541.    requesting a subscription or removal from the BIO-INFO forum.
  542.  
  543. SENDING OUT POSTINGS
  544. Thereafter, address email messages for this forum to one of:
  545.  
  546.    North or South America or Pacific Rim:
  547.       bio-info@net.bio.net
  548.  
  549.    Europe, Africa, and Central Asia:
  550.       bio-info@daresbury.ac.uk
  551.  
  552. You can post to either of the above address if you want.  We only request that
  553. you sign up at your local node in order to optimize the use of the network
  554. resources for message distribution.
  555.  
  556. Do not send subscription requests to any of these addresses, or you will have
  557. sent it to everybody on the planet (to your great embarrassment, and we will
  558. drub you with food cake)!  Let me say that again:  please do not post requests
  559. for subscription or being removed from the list to the list itself, that takes
  560. up bandwidth all over the world!
  561.  
  562. If you have problems, contact the subscription site manager who you signed up
  563. with.  If your problem is not resolved, please contact
  564. biosci-help@net.bio.net.
  565.  
  566. DO NOT CONTACT TOM SCHNEIDER FOR SUBSCRIPTIONS OR UNSUBSCRIBING!
  567.  
  568. ***********************************************************
  569.  
  570. * Where Did I Get This FAQ File From Originally?
  571.  
  572. The latest version of this FAQ is stored in the anonymous ftp archive
  573. ncifcrf.gov in pub/delila under the name bionet.info-theory.faq and also as
  574. bionet.info-theory.faq.Z (The .Z means it is compressed; remember to use the
  575. binary transfer mode if you pick up the latter.  See the uncompressed README
  576. file in the archive for where to get the uncompress program if you need it.)
  577. Please send questions and comments to: Tom Schneider toms@ncifcrf.gov
  578.  
  579. This file is also posted monthly on news.answers and bionet.info-theory.
  580.  
  581. ***********************************************************
  582. * Where Are the Bionet Archives?
  583.  
  584. The entire collection of BIOSCI/bionet messages from inception are
  585. available via the biosci.src WAIS source at net.bio.net.  Contact
  586. biosci-help@net.bio.net for further help with accessing this WAIS source.
  587.  
  588. FTP archives of all the BIOSCI/bionet messages are available at net.bio.net
  589. [134.172.2.69] in /pub/BIOSCI.  bionet.info-theory is in pub/BIOSCI/BIO-INFO.
  590. Files are in mailbox format, with names of the form YYMM (YY=last 2 digits of
  591. the year, MM=cardinal number of the month, zero padded).  The current months
  592. postings are in the file 'current'.  Contact biosci-help@net.bio.net for
  593. further help with or comments on the archives.
  594.  
  595. All the bionet.* newsgroups, including info-theory, are also archived for
  596. Gopher retrieval from the IUBIO Gopher hole and for anonymous ftp from
  597. ftp.bio.indiana.edu, directory usenet/bionet/...
  598.  
  599. The archives can be accessed by gopher or ftp running under the Mosaic
  600. interface.  The URL (Universal Record Locator) for gopher is:
  601.    gopher://net.bio.net/11/BIO-INFO
  602. This gives individual postings.  By ftp one can use:
  603.    ftp://net.bio.net/pub/BIOSCI/BIO-INFO
  604. Unfortunately this gives the entire month in a single document.
  605.  
  606. ***********************************************************
  607.  
  608. * What Can I Do About Inappropriate Postings?
  609.  
  610. The short form of this news group's name, bio-info, can be a little confusing
  611. to some people inexperienced in network communications or with little knowledge
  612. of the discipline (if there is any :-) of biological information theory.  It
  613. can and has been mistaken as a news group for general biological information.
  614. Our readers should be aware that when such postings come to our attention, we
  615. do attempt to inform, privately, the people who make these inappropriate
  616. postings of the error of their ways and suggest alternative or more appropriate
  617. venues.
  618.  
  619. Subjecting the writers of inappropriate posting to public excoriation is not a
  620. good policy because the mistake is usually inadvertent and the follow-up
  621. postings add further to the irritation of our regular readers.  When others
  622. publicly reply to such posts in this news group, although they may think they
  623. are being polite to the original poster, they are still annoying our regular
  624. readers.  We suggest that a better policy for readers who do wish to reply to
  625. inappropriate posts is to do so privately or to an appropriate news group.
  626.  
  627. ***********************************************************
  628.  
  629. * Who Takes Care of This Group?
  630.  
  631. John S. Garavelli
  632. Protein Information Resource
  633. National Biomedical Research Foundation
  634. Washington, DC  20007
  635. garavelli@gunbrf.bitnet
  636.  
  637. Tom Schneider
  638. National Cancer Institute
  639. Laboratory of Mathematical Biology
  640. Frederick, Maryland  21702-1201
  641. toms@ncifcrf.gov
  642.  
  643. John L. Spouge
  644. National Center for Biotechnology Information
  645. National Library of Medicine
  646. Bethesda, MD  20894
  647. spouge@frodo.nlm.nih.gov
  648.  
  649. Please email comments and suggestions on this faq sheet to Tom.
  650.  
  651. John Garavelli (who also answers to "Steve" if you want to avoid confusion)
  652. often organizes dinner speakers.
  653.  
  654. John Spouge often arranges dinner locations.
  655.  
  656. ***********************************************************
  657.